純化水設備的選擇，通常根據客戶的需求而定，綜合考慮原水水質、水產能、水質標準要求、投資預算等，提供最佳的純化水制備工藝方案。目前，常用的純化水制備工藝包括預處理+雙級RO、預處理+單級RO+EDI、預處理+雙級RO+EDI。預處理工藝包括多介質過濾器、活性炭過濾器、軟化器等。
根據2010年版藥典標準規定，純化水電導率≤2μS/cm，而要達到該水質標準一般采用雙級反滲透純化水設備。如果原水水質比較好，比如南方的原水水質電導率在100μS/cm以下，藥典標準對制水工藝并沒有太大的限制，可采用單級反滲透設備即可滿足客戶的用水需求。如果客戶對水質要求較高，需要達到美國藥典標準，建議采用EDI工藝，因為EDI工藝產水比RO產水的電導率更低。通常，北方地區的原水含鹽量比較高，可在二級反滲透裝置后增加EDI裝置，達到深度除鹽的目的。
醫藥行業對純化水的指標要求較多，純化水設備究竟采用幾級反滲透還需要結合客戶的實際來選擇合適的工藝，使得投資成本和運行成本合理化，確保系統產水穩定可靠。
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