適宜的營養條件、適宜的氧含量、合適的pH值、合適的環境溫度以及合適的接種量這些條件有利于微生物的生長和繁殖。在純化水系統中，微生物數量是純化水重要的指標，微生物超標會導致水質不及格。因此，系統管道設計時充分考慮影響微生物生長的因素，實現有效控制系統微生物污染水平。
一、粗糙度
純化水設備的管道內表面越粗糙，越容易給微生物的繁殖提供有利的條件，因微生物不斷繁殖而形成的生物膜會導致系統中的微生物不合格。同時，表面過于粗糙，不利于系統的清潔，故應嚴格控制設備及管道的表面粗糙度。
在醫藥行業，整個純化水系統管道采用304或316L不銹鋼材質，外表粗糙度小于0.8μm。內表粗糙度小于0.6μm。
二、管道坡度
純化水循環管線無坡度或者坡度不夠，管道中的殘留水將會成為微生物繁殖的“溫床”，導致微生物污染超標。在純化水系統中，所有排水管道坡度應在0.5%-5%之間，以便于停機時系統管道里的水能夠自排盡，減少微生物滋生。
三、死角3D
死角3D指的是主管外壁到支管閥門密封墊的長度(L)≤支管直徑(D)的3 倍。從清潔及消毒驗證的角度能有效證明“3D死角標準”的合理性。經消毒驗證表明，當死角“小于3D”時，支路很快達到消毒溫度，當死角“大于3D”時，則在流速過低或過高時支路均達不到消毒溫度。
圖一 死角3D
四、空氣阻斷
通常根據純化水儲罐體積合理配置一個或多個呼吸器，以減少來自空氣中的污染。空氣呼吸器內一般安裝疏水性聚四氟乙烯濾芯，孔徑在0.1~0.2μm。所有的排水管道均設有空氣阻斷的距離并且距離應大于25mm，避免倒吸和交叉污染。
五、管道流速
純化水系統的供水泵采用變頻控制，穩定循環水回水流速大于1.5m/s，使整個循環系統保持湍流狀態，并且湍流區雷諾數大于2100，可有效防止循環管道內形成生物膜，達到抑制微生物滋生的目的。另外，系統的前端采用雙管路供水及單管路循環的設計，在不需要用水的時候，管道里的水可以保持微循環。
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